Une 46e demi-brigade d'infanterie de ligne a été formée lors du second amalgame (1796) par :
- la 17e demi-brigade,
- la 107e demi-brigade, (de premier amalgame),
- le 2e bataillon du 9e régiment d'infanterie
- le 1er bataillon du 39e régiment ;
- le 2e bataillon du 39e régiment.

La 17e demi-brigade de première formation avait été formée des unités suivantes :
- 1er bataillon du 9e régiment d'infanterie ;
- 2e bataillon de ll'Indre ;
- 3e bataillon de la Seine-Inférieure.

La 107e demi-brigade de première formation avait été formée des unités suivantes :
- 1er bataillon du 54e régiment ;
- 3e bataillon de l'Yonne;
- 4e bataillon de l'Yonne

D'après le Journal militaire de l'an VII (1er vendémiaire), cette demi-brifgade avait été incorporée dans l'artillerie de la marine à Brest, et ne faisait plus partie des troupes de terre.

Par la suite, le numéro fut attribué à la 2e légion des Francs, "composée de détachements de 20 hommes tirés de chacun des corps employés dans les divisions de l'Ouest".

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D'après l'état d'emplacement publié dans le Journal militaire du 10 vendémiaire an VII, la 46e demi-brigade de ligne était, au 1er vendémiaire an VII (22 septembre 1798), à Mayence.

L’arrêté du 1er vendémiaire an XII (24 septembre 1803) rétablit la dénomination de régiment d’infanterie.